Propozycje tematów prac licencjackich i magisterskich

Zakład Biochemii

Zespół prof. Olejniczaka

Przykładowe tematy prac licencjackich

  1. Przygotowanie konstruktów reporterowych do badań regulacji translacji białek błonowych przez niekodujące RNA bakterii
  2. Klonowanie, nadekspresja i oczyszczanie bakteryjnych białek opiekuńczych

Przykładowe tematy prac magisterskich

  1. Mechanizm działania niekodujących RNA bakterii w regulacji translacji mRNA wybranych genów reporterowych u E.coli

Zespół prof. Tomaszewskiej

Stres oksydacyjny i działanie systemu antyoksydacyjnego w roślinach narażonych na stres biotyczny lub abiotyczn

  1. Antyoksydacyjny system ochrony w roślinie hiperakumulujacej w warunkach stresu wywołanego metalami ciężkimi
  2. Generowanie reaktywnych form tlenu i funkcjonowanie enzymatycznego systemu antyoksydacyjnego w stresie abiotycznym
  3. Generowanie tlenku azotu w komórkach roślinnych a antyoksydacyjny system obronnego.

System glutationowo-fitochelatynowy jako element mechanizmu detoksykacyjnego w roślinach poddanych ekspozycji na czynniki stresowe 

  1. Indukcja ekspresji genów białek zaangażowanych w detoksykację metali ciężkich w roślinach
  2. Obecność bakterii promujących wzrost a poziom białek zaangażowanych w odpowiedź na stres oksydacyjny wywołany metalami ciężkimi
  3. Badanie ekotoksykologiczne herbicydowych cieczy jonowych poprzez wybrane testy.

Wykorzystanie chelatorów biodegradowalnych i mikroorganizmów dla fitoekstrakcji wspomaganej

  1. Badanie drogi transportu korzeń-liść jonów cynku w roślinach uprawnych
  2. Podwyższenie odporności na stres abiotyczny przez inokulację bakteriami wspomagającymi wzrost
  3. Zwiększenie mobilności metali przez suplementację kwasem nitrylotrioctowym i bakteryjnymi surfaktantami

Zakład Bioenergetyki

Prace licencjackie (III rok):

  1. Oksydaza alternatywna mitochondriów grzybów jako cel działań grzybobójczych (dr Andrzej Woyda-Płoszczyca, praca teoretyczna, temat obsadzony)
  2. Ekspresja białka rozprzęgającego z Acanthamoeba castellanii (AcUCP) w szczepie drożdży S. cerevisiae z brakiem dysmutazy ponadtlenkowej 1 lub 2 (dr Nina Antos-Krzemińska, 2 projekty praktyczne, obsadzone).
  3. Rola mitochondriów w patomechanizmie choroby Parkinsona (dr Małgorzata Wojtkowska, praca teoretyczna, temat obsadzony).
  4. Wpływ znacznika auksotroficznego LEU2 na przeżywalność komórek drożdżowego modelu choroby Huntingtona (mgr Daria Grobys/prof. Hanna Kmita, praca eksperymentalna, temat obsadzony).
  5. Detekcja ekspresji izoform ludzkiego białka VDAC w komórkach drożdżowego modelu choroby Huntingtona metodą „Western blot” (mgr Daria Grobys/prof. Hanna Kmita, praca eksperymentalna, temat obsadzony).
  6. Wybrany temat okołomitochondrialny (prof. Wiesława Jarmuszkiewicz, praca teoretyczna, miejsce wolne)
  7. Nadekspresja CuZnSOD w komórkach drożdży Saccharomyces cerevisiae  pozbawionych funkcjonalnego białka VDAC1 (prof. Hanna Kmita)

Prace magisterskie (IV rok):

  1. Ocena stanu funkcjonalnego mitochondriów u przedstawicieli niesporczaków podlegających anhydrobiozie (dr Andonis Karachitos/prof. Hanna Kmita, temat zajęty).
  2. Konstrukcja i charakterystyka cech fenotypowych szczepu kontrolnego w drożdżowym modelu choroby Huntingtona (dr Andonis Karachitos/prof. Hanna Kmita, temat zajęty).
  3. Konsekwencje ekspresji białka rozprzęgającego z Acanthamoeba castellanii (AcUCP) w szczepie drożdży S. cerevisiae z brakiem dysmutazy ponadtlenkowej 1 lub 2 (dr Nina Antos-Krzemińska, miejsce wolne).
  4. Farmakologiczna regulacja działania mitochondrialnej kinazy NADPK (dr Andrzej Woyda-Płoszczyca, temat obsadzony).

Zakład Biotechnologii

Tematyka prac magisterskich

  1. Poznawanie roli białek wchodzących w skład chromatynowych kompleksów białkowych
  2. Ewolucja wybranego chromatynowego kompleksu białkowego

Tematyka prac licencjackich

  1. Ocena i perspektywy stosowania odmian transgenicznych w rolnictwie
  2. Nowe zastosowania technologii CRISPR-Cas9

Zespół dr hab. Piotra Ziółkowskiego

Prace Magisterskie lub licencjackie

  1. Edycja genomu przy wykorzystaniu techniki CRISPR/Cas9 do pozyskania mutantów w genach związanych z rekombinacją mejotyczną
  2. Uzyskanie mutantów dla wybranych genów związanych z regulacją transkrypcji na poziomie chromatyny i ich analiza fenotypowa
  3. Mapowanie czynników kontrolujących częstość rekombinacji mejotycznej u Arabidopsis thaliana
  4. ATM/ATR-zależna regulacja tworzenia programowanych pęknięć dwuniciowych DNA podczas mejozy
  5. Antyrekombinacyjna funkcja genów systemu MMR (mismatch repair)

Zespół dr hab. Agnieszki Ludwików

Prace magisterskie

  1. Mechanizmy degradacji kinazy kaskady MAP- MAPKKK18 przez proteasom 26S
  2. Rola modyfikacji potranslacyjnych w regulacji stabilności białek
  3. Charakterystyka procesu formowania łańcuchów poliubikwitynowych
  4. Identyfikacja i analiza miejsc sumoilacji syntazy ACC7
  5. Analiza funkcji kaskady kinazy MAPKKK18 w regulacji rozwoju aparatów szparkowych
  6. Projektowanie inhibitorów dla roślinnych fosfataz białkowych typu 2C
  7. Badanie specyficzności  hamowania aktywności katalitycznej homologicznych fosfataz białkowych grupy A przez ich potencjalne inhibitory

Zakład Ekspresji Genów

Prof. dr hab. Janusz Bujnicki, bioinformatyka

Tematy prac licencjackich:

  1. Zastosowanie potencjałów statystycznych do modelowania struktur kompleksów białkowych
  2. Rozbudowa narzędzia do wizualizacji zgodności modeli kompleksów makromolekularnych z więzami doświadczalnymi

Tematy prac magisterskich:

  1. Rozwój i zastosowanie metod komputerowego modelowania struktur kompleksów białek i kwasów nukleinowych

Prof. dr hab. Borys Wrobel, bioinformatyka

Tematy prac licencjackich:

  1. Rozbudowa oprogramowania do ewolucji sztucznych sieci genowych kontrolujacych animaty
  2. Stworzenie oprogramowania pozwalającego na analizę czynności elektrycznej mięśni
  3. Stworzenie oprogramowania pozwalającego na analizę sieci społecznościowych

Tematy prac magisterskich:

  1. Wykorzystanie sztucznych sieci genowych w robotyce ewolucyjnej
  2. Wykorzystanie analizy czynności elektrycznej mięśni w rehabilitacji
  3. Zastosowanie analizy sieci złożonych w badaniach społecznych

Jan Brezovsky, Bioinformatics

  1. Development of automated prediction work-flow for discovery of cognate substrates of enzymes. (BSci and/or MSci)
  2. Enabling the discovery of ligand-transport pathways in proteins without available structures via homology modeling. (BSci and/or MSci)
  3. Use of approximative dynamics methods to identify relevant ligand-transport pathways in proteins. . (BSci and/or MSci)

Grupa prof Zofii Szweykowskiej-Kulińskiej

Tematy prac licencjackich:

  1. Analiza profilu eskresji genów kodujących czynniki transkrypcyjne SPL u rozdzielnopłciowego watrobowca M. polymorpha.

Tematy prac magisterskich:

  1. Analiza ekspresji krótkich peptydów kodowanych w rejonach 5’UTR genów kodujących czynniki transkrypcyjne SPL u wątrobowca M.
  2. Identyfikacja i analiza potencjalnych miejsc metylacji kierowanych przez mikroRNA w jęczmieniu.
  3. Nowe elementy genetyczne odpowiedzi ziemniaka na stres suszy.
  4. Rola jęczmiennych mikroRNA z rodziny MIR444 w rozwoju rośliny i odpowiedzi na stresy abiotyczne

Grupa prof. Artura Jarmołowskiego

Tematy prac magisterskich:

  1. Rola Ago1 w regulacji alternatywnego splicingu i kontranskrypcyjnej biogenezy mikroRNA A.thaliana
  2. Dialog maszynerii splicingowej i poliadenylacyjnej w regulacji biogenezy mikroRNA A.thaliana.
  3. Rola białka Hyl1w regulacji transkrypcji genów mirkoRNA i białek A.thaliana

Grupa dzielona prof. dr hab. Izabela Makałowska/Zofia Szweykowska-Kulińska

Dr Katarzyna Raczyńska

  1. Poszukiwanie nowych funkcji białek kompleksu U7 snRNP: Lsm10 i Lsm11 w komórkach ludzkich.

Grupa prof. Małgorzaty Borowiak

Prace magisterskie/licencjackie:

  1. Mechanizm ekspansji komórek progenitorowych in vitro.
  2. Rola lncRNA w pluripotencji
  3. Indukowany światłem system ekspresji genów w procesie różnicowania in vitro

Praca magisterska pod opieką Zofii Szweykowskiej-Kulińskiej i Izabeli Makałowskiej

  1. Rola mir535 i noduliny w kształtowaniu odporności jabłoni na zarazę ogniową.

Zakład Biologii Obliczeniowej

  1. Program do przewidywania genów uzyskanych na drodze horyzontalnego transferu.
  2. Identyfikacja genów uzyskanych na drodze horyzontalnego transferu u chorobotwórczych bakterii z rodzaju Staphylococcus.
  3. Program do identyfikacji genów ortologicznych
  4. Identyfikacja domen białkowych o wysokim stopniu zróżnicowania sekwencji.
  5. Poszukiwanie małych niekodujących RNA powstających z innych klas RNA
  6. Analiza struktur drugorzędowych RNA w oparciu o dane z wyso-koprzepustowego próbkowania transkryptomu
  7. Elementy T-box w genomach bakteryjnych
  8. Identyfikacja sekwencje 5S rRNA-podobnych w sekwencjach genomowych
  9. Heterogenność 5S rRNA Eukaryota
  10. Identyfikacja genów rybosomalnych RNA 5.8S
  11. Organizacja genów tRNA bakterii
  12. Adnotacja tRNA w oparciu o sekwencjonowanie wysoko-przepustowe i analizy obliczeniowe
  13. Zmiany mikrotranskryptomu na różnych etapach rozwoju oraz w odpowiedzi na stres u roślin.
  14. Wpływ mutacji elementów szklaku biogenezy RNA na zmiany w występowaniu małych niekodujących RNA.

Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej

Przykładowe tematy prac licencjackich

  1. Analiza lokalizacji wybranych receptorów błonowych w genetycznym tle mutantów w genach podjednostek kompleksu gamma-sekretazy
  2. Udział kompleksu gamma-sekretazy w regulacji endocytozy zwierzęcych receptorów błonowych
  3. Udział kompleksu gamma-sekretazy w regulacji intensywności endocytozy.
  4. Wysokorozdzielcze techniki mikroskopowe.
  5. Regulacja biogenezy mitochondriów roślin wyższych podczas niedoboru wody
  6. Dehydryny i białka podobne do dehydryn w organellach roślin wyższych
  7. Transformacja genetyczna organelli- osiągnięcia i perspektywy
  8. Biogeneza proteomu i transkryptomu mitochondriów roślinnych w warunkach stresu abiotycznego
  9. Biologia molekularna organelli- najnowsze trendy metodyczne
  10. Rola biomechaniki w rozwoju roślin.
  11. Szybkie przekazywanie sygnałów w roślinach na duże odległości.

Przykładowe tematy prac magisterskich

  1. Dynamika procesu endocytozy znanych receptorów roślinnych w genetycznym tle mutantów w genach podjednostek kompleksu gamma-sekretazy
  2. Analiza oddziaływań międzybiałkowych w obrębie kompleksu egzocyst i sieci cytoszkieletu w komórkach roślinnych (FLIM-FRET).
  3. Analiza aktywności katalitycznej nukleaz ameby Acanthamoeba castellanii
  4. Lokalizacja tkankowa wybranych roślinnych nukleaz S1/P1
  5. Izolacja cDNA kodującego wybrane białka podobne do dehydryn kalafiora
  6. Analiza akumulacji wybranych białek mitochondrialnych kalafiora oraz kodujących je transkryptów w warunkach stresu suszy
  7. Analiza kolokalizacji białek RbohD i GLR z wykorzystaniem metod mikroskopowych.
  8. Lokalne zmiany w stężeniu auksyn w topoli pod wpływem czynników fizycznych.
  9. Przyżyciowa obserwacja zmian w stężeniu cytoplazmatycznych jonów wapnia.

Zakład Genetyki Molekularnej Człowieka

Proszę pytać w Zakładzie