Propozycje tematów prac licencjackich i magisterskich

Zakład Biochemii

Możliwe tematy prac licencjackich lub magisterskich

  1. Regulacja translacji białek błonowych przez niekodujące RNA bakterii
  2. Struktura niekodujących RNA oraz ich oddziaływania z regulowanymi mRNA u coli
  3. Klonowanie, nadekspresja i oczyszczanie bakteryjnych białek opiekuńczych oraz ich mutantów

Zakład Bioenergetyki

Prace licencjackie (III rok):

  1. Polimorfizmy w genach kodujących białka istotne dla funkcjonowania mitochondriów u pacjentów ze zdiagnozowaną chorobą Parkinsona (dr M. Wojtkowska)
  2. Heterologiczna ekspresja białka VDAC niesporczaków w komórkach drożdży Saccharomyces cerevisiae (dr A. Karachitos)
  3. Rola wybranych białek mitochondrialnych w przebiegu skutecznej anhydrobiozy u wybranych gatunków niesporczaków (prof. H. Kmita)
  4. Konstrukcja kontroli metabolicznej dla komórek drożdżowego modelu choroby Huntingtona (dr A. Karachitos)
  5. Rola kinazy adenylanowej w metabolizmie nukleotydów purynowych u ameby (dr A. Woyda-Płoszczyca)
  6. Temat to wyboru w obrębie różnych aspektów funkcjonowania mitochondriów (prof. W. Jarmuszkiewicz) – praca teoretyczna

Prace magisterskie (IV rok):

  1. Analiza funkcjonalna i parametrów biofizycznych izoform ludzkiego białka VDAC (dr Karachitos, prof. Kmita)
  2. Zróżnicowanie izoform białka VDAC u ślimaków wodnych i lądowych (dr Pieńkowska, prof. Kmita)
  3. Elementy różnicujące funkcjonowanie komórek drożdżowego modelu choroby Huntingtona z ekspresją izoform ludzkiego białka VDAC (mgr D. Grobys, prof. Kmita)
  4. Rola mitochondriów w procesie tanatozy: model owadzi (dr hab. M. Bąkowski, prof. Kmita)

Zakład Biologii Genomu

Prace magisterskie lub licencjackie

  1. Edycja genomu przy wykorzystaniu techniki CRISPR/Cas9 do pozyskania mutantów w genów kodujących deacetylazy histonowe (dr hab. Piotr Ziółkowski)
    CRISPR/Cas9-based genome editing for obtaining new mutant alleles of genes encoding histone deacetylase (dr hab. Piotr Ziółkowski)
  2. ATM/ATR-zależna regulacja tworzenia programowanych pęknięć dwuniciowych DNA podczas mejozy (dr hab. Piotr Ziółkowski)
    ATM/ATR-dependent regulation of meiotic double-strand breaks (dr hab. Piotr Ziolkowski)
  3. Antyrekombinacyjna funkcja białek systemu MMR (mismatch repair) (dr hab. Piotr Ziółkowski)
    Anti-recombinational function of mismatch repair (MMR) proteins (dr hab. Piotr Ziółkowski)
  4. Indukcja ekspresji genów białek zaangażowanych w detoksykację metali ciężkich w roślinach (A. Piechalak)
  5. Obecność bakterii promujących wzrost a poziom białek zaangażowanych w odpowiedź na stres oksydacyjny wywołany metalami ciężkimi (A. Piechalak)
  6. Zmiany mobilności metali w transporcie bliskim i dalekim przez suplementację chelatorami syntetycznymi i bakteriami probiotycznymi (A. Piechalak)

Zakład Biotechnologii

Prace licencjackie/ magisterskie

  1. Mechanizmy degradacji kinazy kaskady MAP- MAPKKK18 przez proteasom 26S (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
  2. Rola modyfikacji potranslacyjnych w regulacji stabilności białek (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
  3. Charakterystyka procesu formowania łańcuchów poliubikwitynowych (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
  4. Identyfikacja i analiza miejsc sumoilacji syntazy ACC7 (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
  5. Analiza funkcji kaskady kinazy MAPKKK18 w regulacji rozwoju aparatów szparkowych (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
  6. Projektowanie inhibitorów dla roślinnych fosfataz białkowych typu 2C (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
  7. Badanie specyficzności hamowania aktywności katalitycznej homologicznych fosfataz białkowych grupy A przez ich potencjalne inhibitory (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
  8. Antyoksydacyjny system ochrony w roślinach o znaczeniu użytkowym w warunkach stresu wywołanego metalami ciężkimi (dr A. Małecka)
  9. Generowanie reaktywnych form tlenu i azotu oraz funkcjonowanie enzymatycznego systemu antyoksydacyjnego w stresie abiotycznym (dr A. Małecka)

Zakład Ekspresji Genów

Grupa prof. Zofii Szweykowskiej-Kulińskiej

praca licencjacka:

  1. Analiza profilu eskresji genów kodujących czynniki transkrypcyjne SPL u rozdzielnopłciowego watrobowca polymorpha.
  2. Rola białka Hyl1w regulacji transkrypcji genów mikroRNA i białek thaliana

praca magisterska:

  1. Analiza ekspresji krótkich peptydów kodowanych w rejonach 5’UTR genów kodujących czynniki transkrypcyjne SPL u wątrobowca M.
  2. Identyfikacja i analiza potencjalnych miejsc metylacji kierowanych przez mikroRNA w jęczmieniu.
  3. Nowe elementy genetyczne odpowiedzi ziemniaka na stres suszy.
  4. Rola jęczmiennych mikroRNA z rodziny MIR444 w rozwoju rośliny i odpowiedzi na stresy abiotyczne

Grupa prof. Artura Jarmołowskiego

Prace magisterskie:

  1. Rola Ago1 w regulacji alternatywnego splicingu i kontranskrypcyjnej biogenezy mikroRNA A.thaliana
  2. Dialog maszynerii splicingowej i poliadenylacyjnej w regulacji biogenezy mikroRNA A.thaliana.
  3. „Rola białka Argonaute 1 w regulacji splicingu alternatywnego u Arabidopsis thaliana”. (dr Jakub Dolata)

Prace licencjackie

  1. Kotranskrypcyjna regulacja ekspresji genów u roślin (teoretyczna; dr Jakub Dolata)
  2. Uzyskanie i charakterystyka linii transgenicznych Arabidopsis thalianaz ekspresją allelu dcl1-13 (dr Dawid Bielewicz)
  3. Analiza oddziaływań między białkiem HYL1 a białkami CDC5 i DRB4 (dr Dawid Bielewicz)

Grupa dr hab. Katarzyny Doroty Raczyńskiej

  1. Oddziaływanie dimeru białek Lsm10:Lsm11 z innymi białkami i RNA w różnych fazach cyklu komórek ludzkich.The interaction of Lsm10:Lsm11 protein dimer with other proteins and RNAs in different phases of the cell cycle in human cells
  2. Oddziaływanie białek Lsm10 i/lub Lsm11 z małymi, niekodującymi RNA w komórkach ludzkich.The interaction of Lsm10 and/or Lsm11 with small noncoding RNAs in human cells.

Laboratorium Bioinformatyki strukturalnej (grupa prof. Janusza Bujnickiego)

Licencjaty:

  1. Rozbudowa narzędzi bioinformatycznych do wizualizacji modelowania struktur kompleksów makromolekularnych
    Development of bioinformatics tools for visualization of structural models for macromolecular complexes

Prace magisterskie:

  1. Rozwój i zastosowanie metod komputerowego modelowania struktur kompleksów białek i kwasów nukleinowych
    Development and application of method for computational modeling of protein and nucleic acid complexes

Laboratorium Systemów Ewolucyjnych (grupa prof. Borysa Wrobla)

Temat prac licencjackich 

  1. Rozbudowa oprogramowania do ewolucji sztucznych sieci genowych kontrolujacych animaty
  2. Stworzenie oprogramowania pozwalającego na analizę czynności elektrycznej mięśni
  3. Stworzenie oprogramowania pozwalającego na analizę sieci społecznościowych

Temat pracy magisterskiej: 

  1. Wykorzystanie sztucznych sieci genowych w robotyce ewolucyjnej
  2. Wykorzystanie analizy czynności elektrycznej mięśni w rehabilitacji
  3. Zastosowanie analizy sieci złożonych w badaniach społecznych

Laboratorium Biomolekularnych Interakcji I Transportu (dr Jan Brezovsky, prof. UAM)

  1. Study of molecular mechanisms of mutations in biologically relevant enzymes underlying disease development
  2. Identification of bioactive small molecules of biomedically important proteins
  3. Computational protein engineering towards improved enzymes for biotechnologies

Laboratorium Komórek Macierzystych (grupa prof. Małgorzaty Borowiak)

Prace magisterskie/licencjackie

  1. Mechanizm ekspansji komórek progenitorowych in vitro.
  2. Rola lncRNA w pluripotencji
  3. Indukowany światłem system ekspresji genów w procesie różnicowania in vitro

Laboratorium Terapii Genowej (grupa prof. Krzysztofa Sobczaka)

Prace magisterskie/licencjackie

  1. Zastosowanie antysensowych oligonukleotydów w celu obniżenia biosyntezy toksycznego białka poliglicynowego w modelach komórkowych z ekspansją powtórzeń trójnukleotydowych CGG
  2. Określenie znaczenia alternatywnej poliadenylacji prekursora onkogenu miR-21 na poziom jego dojrzałego produktu

Zakład Biologii Obliczeniowej

Prace licencjackie bądź magisterskie

  1. PL: Zmienność genetyczna odmian rzepaku (Brassica napus) wykazujących różny poziom odporności na infekcję Plasmodiophora brassicaceae
    EN: Genetic polymorphism of rapeseed (Brassica napus) cultivars representing different resistance to infection of Plasmodiophora brassicaceae
  2. PL: Adnotacja sekwencji sRNA pochodzących z cząsteczek tRNA-podobnych u Arabidopsis thaliana
    EN: Annotation of sRNA sequences derived from tRNA-like molecules in Arabidopsis thaliana
  3. PL: Geny sRNA zaangażowane w regulację tworzenia biofilmu u bakterii chorobotwórczych.
    EN: sRNA genes involved in regulation of biofilm formation in pathogenic bacteria.
  4. PL: Zachowawczość domen strukturalnych tRNA
    EN: Conservation of structural domains of tRNA
  5. PL: Identyfikacja i adnotacja funkcjonalna genów osieroconych u bakterii
    EN: Identification and functional annotation of orphan genes in bacteria
  6. PL: Nowa metoda porównywania sekwencji typu „alignment-free”
    EN: A novel alignment-free method for sequence comparisonq
  7. PL: Identyfikacja nowych klas małych RNA na podstawie danych z wysokoprzepustowego sekwencjonowania
    EN: High-throughput sequencing based identification of small RNA classes
  8. PL: Opracowanie nowych metod analizy danych pochodzących z sekwencjonowania RNA technologią Oxford Nanopore
    EN: Development of new methods for analysis of Oxford Nanopore sequencing data
  9. PL: Analiza danych z wysokoprzepustowego próbkowania struktury drugorzędowej RNA
    EN: Data analysis of high-throughput sampling of RNA secondary structure

Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej

Przykładowe tematy prac licencjackich

  1. Analiza lokalizacji wybranych receptorów błonowych w genetycznym tle mutantów w genach podjednostek kompleksu gamma-sekretazy
  2. Udział kompleksu gamma-sekretazy w regulacji endocytozy zwierzęcych receptorów błonowych
  3. Organellowe białka bogate w glicynę (teoretyczna i praktyczna)
  4. Dehydryny i białka podobne do dehydryn w organellach roślin wyższych (teoretyczna)
  5. Transformacja genetyczna organelli- osiągnięcia i perspektywy (teoretyczna)
  6. Mitochondrialny proteom i transkryptom roślin wyższych w warunkach stresu abiotycznego i w aspekcie rozwojowym (teoretyczna i praktyczna)
  7. Biologia molekularna organelli- najnowsze trendy metodyczne (teoretyczna)
  8. Rola biomechaniki w rozwoju roślin.
  9. Szybkie przekazywanie sygnałów w roślinach na duże odległości.

Przykładowe tematy prac magisterskich

  1. Dynamika procesu endocytozy znanych receptorów roślinnych w genetycznym tle mutantów w genach podjednostek kompleksu gamma-sekretazy
  2. Analiza oddziaływań międzybiałkowych w obrębie kompleksu egzocyst i sieci cytoszkieletu w komórkach roślinnych (FLIM-FRET)
  3. Analiza aktywności katalitycznej nukleaz ameby Acanthamoeba castellanii
  4. Lokalizacja tkankowa wybranych roślinnych nukleaz S1/P1
  5. Amplifikacja i klonowanie cDNA kodujacego mitochondrialne białko bogate w glicynę kalafiora (praktyczna)
  6. Analiza akumulacji wybranych białek mitochondrialnych kalafiora oraz kodujących je transkryptów w warunkach stresu suszy (praktyczna)
  7. Analiza kolokalizacji białek RbohD i GLR z wykorzystaniem metod mikroskopowych
  8. Lokalne zmiany w stężeniu auksyn w topoli pod wpływem czynników fizycznych
  9. Przyżyciowa obserwacja zmian w stężeniu cytoplazmatycznych jonów wapnia

Zakład Genetyki Molekularnej Człowieka

Proszę pytać w Zakładzie